车辆合格证由车管所保管。车辆合格证是交车时跟车一同交由车主的，新车上牌时，车辆合格证原件要入档，由车管单位保管。仅有具备合格证书的汽车才符合我国对机动车辆装备品质及有关标准的要求。 
2018年8月1日起，机动车辆合格证书可线上办理。《关于机动车合格证业务线上办理有关事项的通知》指明，自2018年8月1日起，工信部装备中心开启机动车辆合格证书业务平台（下称业务平台），整理简化业务办理所需材料清单，以便于有关企业和个人在线办理合格证书业务。业务平台实际业务功能包含：新增企业备案、企业信息变更、合格证书正面式样备案（只限境内机动车辆生产企业办理）、合格证书正面式样变更（只限境内机动车辆生产企业办理）、合格证书系统U盾申领、新增子企业备案、子企业信息变更、合格证书系统用户信息找回、配置信息系统开启（增加或变更生产厂）、免税图册系统开启、票据关联系统开启，及其合格证书批量修改撤销申请（只限境内机动车辆生产企业办理）。注：车辆合格证编号记录在汽车合格证右上方第1栏处，车辆合格证也就是机动车辆整车出厂合格证跟车出厂。车辆合格证在车主给新车上牌登记时，是要上交由车管所保留的，因此在登记上牌后，车主是换回机动车登记证书，而没有车辆合格证。
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